Pirola Panic? Les cellules T pourraient être notre arme secrète contre le dernier "variant de préoccupation" de la COVID.

Une nouvelle variante de SARS-CoV-2, Pirola (BA.2.86), a été détectée à l'échelle mondiale, suscitant des inquiétudes en raison de son taux de mutation élevé. Les chercheurs de l'Institut La Jolla pour l'immunologie utilisent la Base de données des épitopes immunitaires pour prédire les réponses des lymphocytes T à Pirola, constatant que les vaccins existants et l'exposition antérieure à des variants tels que l'Omicron peuvent encore offrir une protection significative. Bien que les résultats soient prometteurs, ils restent prédictifs et nécessitent une validation expérimentale supplémentaire. Crédit : SciTechDaily.com

Les scientifiques du LJI utilisent la bioinformatique pour prédire comment les lymphocytes T peuvent s'adapter à la lutte contre la variante Pirola fortement mutée.

En août, des chercheurs ont détecté une nouvelle « variante d'intérêt » de SARS-CoV-2 chez des patients en Israël et au Danemark. Depuis lors, cette variante, appelée BA.2.86 ou « Pirola », s'est répandue dans le monde entier. La variante Pirola a suscité des inquiétudes car elle est fortement mutée. En fait, Pirola est aussi mutée que la variante Omicron l'était, comparée à la variante SARS-CoV-2 initialement incluse dans les vaccinations d'origine.

Alors que Pirola se propage, les chercheurs de l'Institut La Jolla pour l'immunologie (LJI) étudient si les vaccins COVID-19 (ou l'exposition antérieure au SARS-CoV-2) peuvent encore protéger les personnes contre les formes graves de la maladie.

« Il y a une crainte qu'un virus avec un nombre aussi élevé de mutations puisse 'échapper' à l'immunité des lymphocytes T », explique le professeur Alessandro Sette, Dr.Biol.Sci. du LJI.

Une nouvelle étude publiée dans Cell Host & Microbe suggère maintenant que les lymphocytes T peuvent voir à travers les mutations de Pirola et trouver leurs cibles. « Notre analyse suggère de bonnes nouvelles », déclare Alba Grifoni, Ph.D., professeur adjoint de recherche au LJI. « Il semble que l'exposition antérieure à l'Omicron ou la vaccination avec les nouveaux vaccins bivalents puisse doter une personne de lymphocytes T capables de 'rattraper' et de générer des réponses spécifiques pour lutter contre Pirola. »

Crédit : Institut La Jolla pour l'immunologie

Pour la nouvelle étude, Sette et Grifoni se sont tournés vers une ressource appelée la Base de données des épitopes immunitaires (IEDB). Cette base de données contient des découvertes précieuses - recueillies par des immunologistes du monde entier - décrivant comment les cellules immunitaires reconnaissent les fragments, ou « épitopes », sur les microbes.

Grâce à la richesse des données dans l'IEDB, les chercheurs disposaient déjà d'un tableau détaillé de la façon dont les vaccins COVID-19 ou l'exposition antérieure au SARS-CoV-2 « entraînent » les lymphocytes T à cibler les épitopes du SARS-COV-2. Les chercheurs ont extrait ces données de l'IEDB et développé une suite bioinformatique pour prédire comment ces lymphocytes T réagiraient à la variante Pirola.

« Nous avons simulé la réponse des lymphocytes T à Pirola sur la base de données expérimentales et prédictives des précédentes variants de SARS-CoV-2 », explique Grifoni.

Les chercheurs ont découvert que la plupart des lymphocytes T pouvaient toujours cibler des épitopes sur Pirola :

En bref, si Pirola souhaite échapper aux lymphocytes T, elle ne fait pas du très bon travail.

« Bon nombre des épitopes reconnus par le système immunitaire sont toujours conservés sur la nouvelle variante Pirola », déclare Sette. « Nous prévoyons fortement que le virus sera toujours reconnu par les lymphocytes T. »

« Les lymphocytes T peuvent également être en mesure de 'poursuivre' les peptides nouvellement mutés de Pirola pour monter une nouvelle réponse contre ces épitopes, comme nous l'avons observé pour d'autres variants », ajoute Grifoni. « Nous pensons que cela peut jouer un rôle dans le fait que, malgré l'évolution du virus, nous n'avons pas observé de maladies plus graves dans les cas d'infection par Pirola ou d'autres variants plus récents. »

Grifoni souligne que ces résultats sont des prédictions, et non des observations basées sur des infections réelles par Pirola. Néanmoins, elle estime qu'il est important de voir comment ces prédictions « in silico » (dans un ordinateur) se reflètent dans des études récentes sur le terrain. « Nous avons encore besoin d'une validation expérimentale, mais nous avons établi plusieurs collaborations dans le monde entier qui étudient cette question en ce moment même », déclare Grifoni.

De nombreuses personnes sont toujours vulnérables à l'infection par le SARS-CoV-2, même à la variante Pirola, ajoute Sette. « C'est pourquoi les gens devraient quand même se faire vacciner, en particulier avec les vaccins actualisés. »

Les chercheurs collectent actuellement des données expérimentales pour en savoir plus sur les réponses des lymphocytes T aux variants et renforcer davantage leurs outils de prédiction. Grifoni est particulièrement curieuse de comprendre exactement comment les personnes ayant reçu des rappels de vaccins bivalents et/ou des infections « de contournement » montent des réponses des lymphocytes T contre les variants futurs.