L'aéroport de San Francisco surveillera les déchets d'avion pour les variantes de COVID-19.

Les voyageurs internationaux peuvent désormais contribuer aux précieux efforts de surveillance de la COVID-19 aux États-Unis depuis les nuages.

L'aéroport international de San Francisco a lancé un nouveau programme pour tester les eaux usées des avions à la recherche de variantes du virus responsable de la COVID-19, le SARS-CoV-2, a annoncé l'aéroport le 9 mai dernier. Le programme est le premier du pays à surveiller en continu les eaux usées des avions, après que des études antérieures ont démontré la valeur potentielle de ce travail.

Les eaux usées des avions sont une source clé de surveillance de la COVID-19 car les voyageurs internationaux apportent fréquemment de nouvelles variantes dans le pays, selon les experts. Alors que moins de personnes se font prélever le nez dans les centres de soins de santé, les Centres de contrôle et de prévention des maladies des États-Unis cherchent de nouvelles façons de garder un œil sur la mutation du coronavirus. La recherche de matériel génétique dans les eaux usées des salles de bain d'avion peut aider à combler cette lacune de données - et même fournir des avertissements précoces pour les futures crises sanitaires (SN : 5/28/20).

"Nous savons que des variantes ont été importées du monde entier", explique Alexandria Boehm, une ingénieure en environnement de l'université de Stanford qui dirige WastewaterSCAN, l'un des plus grands programmes de surveillance des eaux usées aux États-Unis. Tester les déchets des avions "peut nous donner une idée des variantes qui sont importées et nous aider à nous préparer".

Pour ce nouveau projet, l'aéroport de San Francisco collabore avec les CDC et Concentric by Ginkgo, une équipe de bioSécurité et de santé publique à Boston.

Les tests ont commencé le 20 avril, selon un porte-parole de l'aéroport. Les travailleurs de l'aéroport prélèvent des échantillons des camions aspirateurs qui retirent les déchets des salles de bain d'avion, en utilisant une machine automatique qui se branche sur un point de décharge central. "Nous créons essentiellement un échantillon composite des camions, qui sont eux-mêmes un échantillon composite des avions", explique Andrew Franklin, directeur du développement commercial chez Concentric.

L'aéroport de San Francisco dispose d'un point de déversement dédié aux vols internationaux, qui font l'objet d'une priorité pour les tests car les passagers ont plus tendance à utiliser les toilettes - et à fournir des échantillons solides - quand ils passent de nombreuses heures sur l'avion. L'aéroport transporte un échantillon composite par jour, six jours par semaine, dans un laboratoire, où les scientifiques isolent le matériel génétique du coronavirus et passent les résultats à travers des machines qui cartographient les gènes du virus.

Les données qui en résultent sont complexes, explique Casandra Philipson, directrice de la bioinformatique chez Concentric, car chaque échantillon comprend des centaines de passagers du monde entier. "Essayer de comprendre comment déterminer les fréquences réelles de mutations ou de variantes" dans les échantillons d'eaux usées sera un défi, dit-elle, bien que la simple observation de certaines variantes dans les données avertisse les responsables de la santé sur ce qu'il faut surveiller.

Concentric a travaillé avec les CDC sur la surveillance de la COVID-19 chez les voyageurs internationaux depuis l'automne 2021, date à laquelle l'entreprise a commencé à offrir des tests PCR gratuits aux personnes revenant de longs vols. Environ 170 000 voyageurs ont contribué au programme, qui a détecté de nouvelles variantes avant qu'elles ne se propagent largement aux États-Unis.

La surveillance des eaux usées est plus efficace que les écouvillons de nez volontaires, ce qui amène les scientifiques à se concentrer sur cette approche pour les futurs efforts de surveillance (SN : 9/29/22). En août et septembre 2022, les chercheurs de Concentric et des CDC ont mené un programme pilote à l'aéroport international John F. Kennedy de New York pour tester l'idée. Sur 88 échantillons prélevés dans les salles de bains d'avions, l'équipe a pu effectuer des tests PCR sur 80, dont 65 ont été testés positifs au SARS-CoV-2, selon les scientifiques rapportés dans le rapport de morbidiTé et de mortalité du 24 février. L'analyse du matériel génétique de 25 échantillons a révélé une variété de variants de coronavirus.

D'autres projets de recherche et programmes pilotes ont également démontré le potentiel de cette technique pour détecter les variants. La Commission européenne a émis des directives pour les aéroports de l'Union européenne qui souhaitent l'essayer. Comme pour d'autres formes de surveillance des eaux usées, cependant, les scientifiques travaillent encore à comprendre comment ils pourraient interpréter et agir sur les données. "Ce sera un nouveau flux de données que nous devrons apprendre à utiliser à mesure qu'il évolue", explique Boehm.

En plus de suivre les variants du coronavirus, les scientifiques espèrent que les futurs programmes comme celui de l'aéroport de San Francisco pourront poser les bases pour surveiller de nouvelles maladies susceptibles d'entrer aux États-Unis via les aéroports internationaux. "Il est facile de tester les échantillons pour d'autres agents pathogènes émergents", explique Colleen Naughton, une ingénieure en environnement de l'université de Californie, Merced.

The Concentric team is excited about this potential and looking for other types of health data that might come out of airplane waste. “We’re building this future technology,” Philipson says, “to expand the toolkit for pathogens of public health concern.”